دکتر خسرو باقری استاد دانشگاه تهران علیرغم موافقت با امکان علم دینی با برخی از راهکارهای تحقق آن مخالف است. وی چنین می‌نویسد:

رویکرد تهذیب و تکمیل علوم موجود، به سبک معینی از تنظیم محتواهای آموزشی می‌انجامد که در آن، مطالب مختلفی از نظریه‌های علمی و مضامین برگرفته از آیات و روایات، در کنار هم می‌آیند. این سبک از تنظیم محتوا، به کم مایه وانمود کردن دین و متون دینی منجر می‌شود. زیرا این تصور را در خواننده پدید می‌آورد که متون دینی به اشاراتی کوتاه و مجمل بسنده کرده اند، در حالی که دانشمندان و نظریه‌های علمی، در همان زمینه، مطالب و مباحث دقیق و فراوانی ارائه می‌دهند. برای مثال، در کتابی که با همین رویکرد نوشته شده، در حالی که در مبحث “مایه‌های زیستی رشد”، به یافته‌های دقیق علم ژنتیک، هم چون مطالب مربوط به مولکول‌های DNA و جداول حاکی از ترکیب احتمالی ژنوتیپ فرزندان، اشاره شده، احادیثی نیز مورد استناد قرار گرفته است که حداکثر حاکی از آن است که برخی صفات، از والدین یا نیاکان به فرزندان انتقال می‌یابند.[1]

اخیرا آیت الله علی اکبر کلانتری مدیر پژوهشکده علوم انسانی اسلامی آیت الله حائری شیرازی (ره) در کتاب خود با عنوان «درآمدی بر مبانی، اصول و منابع تولید علوم انسانی اسلامی» دیدگاه فوق را در این زمینه به چالش کشیده و نقد می کند: 
 

بررسی و نقد

اولاً، همان گونه که صاحب دیدگاه فوق، خود تصریح می‌کند، اگر این اشکال وارد باشد، تنها بر یکی از رویکرد‌های ارائه شده در این زمینه یعنی رویکرد تهذیب و تکمیل وارد است. بر اساس این دیدگاه، باید علوم موجود، با نظر به اندیشۀ اسلامی، از ناخالصی‌ها و انحرافات پیراسته شود و احتمالا بخش‌هایی نیز به آن افزوده گردد.[2]

ثانیاً، اگر پژوهشگر و نظریه پرداز، اسلام شناس و مسلط بر اصول و مبانی این دین و برخوردار از قدرت تحلیل و ژرف اندیش باشد، دیدگاه اسلام را در مسائل مورد بحث، خام و کوتاه ارائه نمی‌دهد، بلکه آن چنان دقیق و تحلیلی عرضه می‌دارد که عالی‌تر و ژرف‌تر از دیدگاه‌های دیگران در همان مسائل یا دست کم هم طراز با آن‌ها باشد. چنان که اصولیان ما با بهره گیری از روایت کوتاه و به ظاهر سادۀ لا تنقض الیقین ابدا بالشک،[3] “یقین را با شک نشکن.” مباحث گسترده و بسیار دقیقی را در مبحث استصحاب طرح نموده‌اند، یا فقیهان حدیث به ظاهر سادۀ لا تعاد الصلاة الا من خمسة[4] نکات دقیق و ظریف فقهی را استفاده کرده‌اند.

[1]ـ باقری، هویت علم دینی، ص248

[2]ـ ر.ک: باقری، هویت علم دینی، ص234

[3]ـ حرّ عاملی، وسائل الشیعه، ج1، ص245

[4]ـ صدوق، من لا یحضره الفقیه، ج1، ص339